反滲透殺菌劑主要針對的是反滲透設備在運行過程出現的微生物和有機物（油脂、聚電解質等），它們容易聚集在膜表面，造成膜的污堵，使RO產水下降，脫鹽率降低，但嚴重的傷害是減少膜的使用壽命。

反滲透殺菌劑的使用有以下2種方式：

1.運行過程中通過計量泵連續加入進水，加入量為400ppm；約2周加入1次，每次30分鐘。這種方式不間斷脫鹽水的生產，但藥劑用量大。

2.停止RO系統運行，采用化學清洗的方式配置殺菌溶液，并循環藥液對系統進行處理。如果系統污染嚴重，應先對系統進行就地化學清洗后，再依下列步驟對系統進行殺菌處理：

1）加水至清洗罐，配制反滲透殺菌劑TH-410，濃度為400-800ppm；

2）調節清洗液PH在7以下（可用檸檬酸或鹽酸，目的是延長LSB881的半衰期）；

3）循環45分鐘。

反滲透殺菌劑在使用中，如果給水中含有硫化氫或溶解性鐵離子或錳離子（氯氣及過氧化氫）不可使用此殺菌劑。反滲透殺菌劑有腐蝕性，應防止與皮膚、眼睛接觸。